在神圣帝国接任务的主角团，在皇家骑士大本营探秘的奥米加兽和中世纪公爵兽以及原地挂机的混沌军团……是不是还忘了谁？
没错，正是我们的混沌骑士兽及其伙伴们——红莲骑士兽与混沌兽，一同踏上了通往神秘未知网域深处的征程。
“终于到了，前方那片能量异常之地便是未知网域的核心所在。”在一片能量极其异常的地方，红莲骑士兽停了下来，似乎对这个地方非常熟悉，他凝视着前方，眼神中透露出坚定和自信。
混沌骑士兽心生疑虑地盯着红莲骑士兽，不解地问道：“喂，你如此匆忙地带我们来到此地究竟有何什么的？能复活老大？”
红莲骑士兽深吸一口气，缓缓解释道：“这里隐藏着获取混沌核心的关键所在，我们必须找到方法制造出另一枚混沌核心。要知道，那位身份不明的火焰战士如今已失去 X 抗体，但我突然想起，你拥有真正的混沌模式，或许能够替代 X 抗体的力量。”
混沌骑士兽无奈地摇了摇头，语气充满懊恼：“开什么玩笑！X 抗体内蕴含着创造力，而我的身体内仅仅充斥着毁灭与混沌之力。倘若真混沌模式能够让老大重生，我又何必苦等至今？”
“原来如此。”红莲骑士兽思考着说。
“哼哼，倒是你……”混沌骑士兽和混沌兽对视一眼，一左一右冲到红莲骑士兽面前，语气里充满不善的问：“身为皇家骑士，你应该很讨厌未知网域的压迫感吧？现在怎么没有这种反应呢？”
原来和俊风一样，之前混沌骑士兽在红莲骑士兽提到未知网域之时已经意识到他的不对劲了，不过因为要复活自己的老大，就没有多说什么，但现在看来复活老大得等一段时间了，于是他问了出来。
“这话说的……”红莲骑士兽耸耸肩，装作无奈的说：“虽然我是皇家骑士，但我可是病毒种数码兽!”
“病毒种？”混沌骑士兽像是听到了一个天大的笑话：“病毒种也没说不讨厌深层未知网域的力量啊!”
皇家骑士大本营内气氛紧张而肃穆。
"奥米加兽，你这段时间到底跑到哪里去了！?" 杜纳斯兽心急如焚地赶来，在奥米加兽他们尚未见到世界树前便高声呼喊起来。当他瞥见站在一旁的中世纪公爵兽时，原本阴沉的脸色愈发难看，忍不住埋怨道：“这种紧要关头，你竟然还有心情带无关人士过来喝茶！”
奥米加兽与中世纪公爵兽交换了一个眼神，面露窘色，试图敷衍过去：“呃......情况有些复杂，等会儿再详谈吧。世界树大人那边出什么事了吗？”话音未落，他便欲绕过眼前喋喋不休的杜纳斯兽，领着中世纪公爵兽径直朝会议厅走去。
然而，奥米加兽似乎低估了杜纳斯兽执拗的个性。只见杜纳斯兽一个箭步横在他们面前，挡住去路，厉声道：“如果不把事情交代清楚，你休想踏入半步！再者，难道你忘记了‘无关人员禁止入内’这条规定吗？”
他指的是中世纪公爵兽，此情此景中世纪公爵兽连忙说：“听我的声音，杜纳斯兽，你认不出来吗？”
“嗯？确实有点耳熟……”杜纳斯兽思考了起来。
“那家伙是红莲骑士兽。”一个声音响起，斯雷普兽从旁边匆匆飞过来，“就别纠结这个问题了，虽然不知道这家伙为什么变成这个样子……还是以后再说吧，现在所有成员都到齐了。”斯雷普兽的言外之意就是要杜纳斯兽以大局为重。
显然，杜纳斯兽听懂了，没有任何犹豫就放奥米加兽他们通过，自己也进了会议室大门。
“所以我们现在要去未知网域深处？”在听完炽天使兽的话后，极光忍不住向俊风发问。
“不，孩子。”炽天使兽轻轻摇了摇头说道：“那里的情况比较复杂且危险，还是由我们前去吧。”
“是啊。”突然间，一个声音传进众人耳中，原来是柯罗诺兽不知何时走了进来，它接着说道，“未知网域深处最近很不太平，对于你们来说实在太过危险了。等我们的援军一到，我也可以抽出身来去查看一番。”
“你们的援军？”俊风满脸狐疑地问道。
“难道你们没有察觉到吗？相较于以往，这里已经少了许多欢声笑语。”柯罗诺兽反过来问俊风。
“经你这么一说......的确如此，但这不是因为你们下达了禁行令吗？”俊风若有所思地回答道。
“如果我们的领导者们都还在的话，又何必多此一举地下达禁行令呢？”炽天使兽插嘴解释道，“只要等待键天使兽、斩天使兽、丽天使兽以及主天使兽归来就可以了。”
“妈呀……还有这么多天使……”岗岚听的晕乎乎的。
“我们的大部分军队都被派往核心地域了，那里出现了一个硬茬。”柯罗诺兽说道：“那家伙估计已经……我也不知道……”
“你也不知道？!”
“我无法知道那家伙，也无法预测。”
“这么厉害？”
“对，那家伙是病毒。”炽天使兽点点头：“我们现在还不知道它的底细。只叫它——‘核心敌人’。”
“所以我们的任务是？”俊风问道。
“还记得我说过智天使兽在你们人类世界吗？现在失去联系了。”
“你道意思是……让我们寻找失踪的智天使兽？”俊风又说道。
“没错。”柯罗诺兽说：“等他们回来，我们也要开始忙了。”
“我们义不容辞。”俊风点点头。
此时人类世界，一个实验基地被摧毁，一股黑烟冒了出来，吞噬了还在做实验的人类，随着黑烟不断上升，在空中不断变大，天空被乌云遮住，最后成为一条咆哮的黑龙在里面翻滚，还伴随着阵阵红色的闪电。
一个身影在乌云之中若隐若现……